马克思主义学院下设五个教研室：马克思主义基本原理教研室 、马克思主义中国化研究教研室、中国近现代史纲要教研室、思想政治教育教研室、简明新疆史（暂定）教研室。
马克思主义基本原理教研室：教授一人，副教授五人，讲师一人。主要课程设置：马克思主义原著选读、马克思主义基本原理专题研究、马克思主义基本范畴及科学体系研究、马克思主义发展史、马克思主义理论前沿。主要相关学科：马克思主义中国化研究、当代国外马克思主义研究、思想政治教育、科学社会主义与国际共产主义运动、中共党史。
马克思主义中国化研究教研室：副教授四人，讲师五人。主要课程设置：毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、当代世界经济与政治、形势与政策、中国化马克思主义理论教育与方法研究、毛泽东思想概论、民族理论、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论、马克思主义经典著作选读、科技革命与马克思主义、当代中国马克思主义研究、中国化马克思主义研究、政治学基本理论研究、马克思主义发展史等。
中国近现代史纲要教研室：副教授一人，讲师三人。主要课程设置：中国近现代史纲要、科学无神论、当代世界经济与政治、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、中国法制史、民族理论等。
思想政治教育研究室：教授一人，副教授一人，讲师三人。主要课程设置：思想道德修养与法律基础、思想道德与法制教育研究、法律基础、党的民族政策与民族理论、思想政治教育著作选读、青少年思想政治教育专题问题研究等。
新疆若干历史问题研究教研室：副教授三人，讲师一人。主要课程设置：民法学、中国民族政策史、中国历代民族宗教政策、社会学、民族学、宗教学、专业英语、世界民族关系概论、新疆历史与民族宗教理论政策教程等。